Тиоцианат эритромицина в основном используется при инфекционном ларинготрахеите, инфекционном бронхите и инфекционном рините, вызванных микоплазмой, а также при инфекционных респираторных заболеваниях, вызванных вторичной микоплазменной инфекцией. А также при лечении лекарственно-устойчивого золотистого стафилококка, сибирской язвы, стрептококковых заболеваний, гриппа и других болезней. В аквакультуре препарат в основном используется для профилактики и лечения ихтиофтириоза, бактериальной гнили жабр, некроза хвостового стебля, белого налета на коже, стрептококковых заболеваний.