Отвар или настой корней рекомендуют в качестве мочегонного средства, при водянке, как кровоостанавливающее при различных кровотечениях, как жаропонижающее и отхаркивающее при простудных заболеваниях, при пневмонии, бронхитах, плевритах, особенно экссудативных, как антисептическое, общеукрепляющее средство, желчегонное и противовоспалительное при заболеваниях печени и желчного пузыря, при судорогах и параличах. Корни марены сердцелистной в прошлом применяли довольно часто при злокачественных опухолях. Они находят применение в тибетской медицине. Из корней марены сердцелистной добывают пурпуровую краску.