Тиоцианат эритромицина в основном используется при инфекционном ларинготрахеите, инфекционном бронхите и инфекционном рините, вызванных микоплазмой, или при инфекционном респираторном заболевании, вызванном микоплазмой, в качестве вторичной инфекции. А также при лечении устойчивых к лекарствам штаммов золотистого стафилококка, сибирской язвы, стрептококковых заболеваний, гриппа и других болезней. В аквакультуре в основном используется для профилактики и лечения белорылости, бактериальной гнили жабр, хвостовой гнили, белокостности, стрептококковых заболеваний.